Necesito hacer una copia completa de todas las bases de datos para migrar de servidor y no se como hacerlo con phpmyadmin.

Para hacer un respaldo:
mysqldump --all-databases -p > respaldo.sql

Para restaurarlo en otro equipo:
mysql -u root -p < respaldo.sql


y reiniciar

Al final lo he encontrado

Hacer un backup mysql en windows
Hay que tener mysqldump.exe en la carpeta donde ejecutemos el script

Cita:mysqldump.exe --host="localhost" --port="3306" --user="root" --password="tupassword" -Q --result-file="C:\backup\archivo.sql" --databases "basededatos"

Con esto vamos a restaurar
Hay que tener mysq.exe en la carpeta donde ejecutemos el script

Cita:mysql.exe -u"root" -p"tupassword" < "C:\backup\archivo.sql"